- 法隆寺地域の仏教建造物（平成5年記載）
- 姫路城（平成5年記載）
- 古都京都の文化財（京都市，宇治市，大津市）（平成6年記載）
- 白川郷・五箇山の合掌造り集落（平成7年記載）
- 原爆ドーム（平成8年記載）
- 厳島神社（平成8年記載）
- 古都奈良の文化財（平成10年記載）
- 第35回ユネスコ世界遺産委員会の決議に基づく勧告に対する回答
- 日光の社寺（平成11年記載）
- 琉球王国のグスク及び関連資産群（平成12年記載）
- 紀伊山地の霊場と参詣道（平成16年記載）
- 石見銀山とその文化的景観（平成19年記載）
- 平泉―仏国土（浄土）を表す建築・庭園及び考古学的遺跡群―（平成23年記載）
- 富士山―信仰の対象と芸術の源泉（平成25年記載）
- 富岡製糸場と絹産業遺産群（平成26年記載）
- 明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼，造船，石炭産業（平成27年記載）
- ル・コルビュジエの建築作品‐近代建築運動への顕著な貢献‐（平成28年記載）
- 【日本（1資産）】国立西洋美術館・・・国立西洋美術館は、ル・コルビュジエが日本に残した唯一の建築作品であること、ル・コルビュジエが提唱した近代建築の五原則を表現し、「無限発展美術館」の思想を体現していること、日本における近代建築運動に大きく貢献したこと、などが評価された。
- 「神宿る島」宗像・沖ノ島と関連遺産群（平成29年度記載）
自然遺産
- 白神山地
- 屋久島
- 知床
- 小笠原諸島
